Seimo kontrolieriai netiria Respublikos Prezidento, Seimo narių, Ministro Pirmininko, Vyriausybės (kaip kolegialios institucijos), valstybės kontrolieriaus ir Konstitucinio Teismo bei kitų teismų teisėjų veiklos, savivaldybių tarybų (kaip kolegialių institucijų) ir žvalgybos institucijų veiklos.
Seimo kontrolieriai netiria prokurorų, ikiteisminio tyrimo pareigūnų procesinių sprendimų teisėtumo ir pagrįstumo, tačiau tiria skundus dėl prokurorų, ikiteisminio tyrimo pareigūnų veiksmų, pažeidžiančių žmogaus teises ir laisves.
Seimo kontrolieriai netiria skundų dėl darbo teisinių santykių, taip pat netikrina teismų priimtų sprendimų, nuosprendžių ir nutarčių pagrįstumo ir teisėtumo