Seimo kontrolieriai netiria:
- Respublikos Prezidento veiklos;
- Seimo narių veiklos;
- Ministro Pirmininko veiklos;
- Vyriausybės (kaip kolegialios institucijos) veiklos;
- valstybės kontrolieriaus veiklos;
- Konstitucinio Teismo bei kitų teismų teisėjų veiklos;
- savivaldybių tarybų (kaip kolegialių institucijų) veiklos;
- žvalgybos institucijų veiklos.
Seimo kontrolieriai netiria prokurorų, ikiteisminio tyrimo pareigūnų procesinių sprendimų teisėtumo ir pagrįstumo, tačiau tiria skundus dėl prokurorų, ikiteisminio tyrimo pareigūnų veiksmų, pažeidžiančių žmogaus teises ir laisves.
Seimo kontrolieriai netiria skundų dėl darbo teisinių santykių, taip pat netikrina teismų priimtų sprendimų, nuosprendžių ir nutarčių pagrįstumo ir teisėtumo.